Über die in einer Immunhistochemischen Untersuchung eingesetzten für das jeweilige Protein spezifischen Antikörper können indirekt auch genetische Varianten/Veränderungen, z.B. über eine Proteinüberexpression nachgewiesen werden. Das Ergebnis einer IHC wird häufig mit positiv (eine ein spezifisches Färbeverhalten kann entsprechend nachgewiesen werden) oder negativ (es kommt zu keinem spezifischen Färbeverhalten) beschrieben. Die Aussage „positiv“ oder „negativ“ ist nicht mit „mutiert“ oder „nicht mutiert“ gleichzusetzen. Eine zugrundeliegende Mutation kann zu einem Ausfall einer Proteinexpression und somit zu einem negativen Färbeergebnis führen. In diesem Beispiel würde “W” für “negativ” dokumentiert werden. Für die Dokumnetation ist das Färbergebnis ausschlaggebend ist.