Genetische Varianten
- Autor Plattform65c
- Doku-Netzwerk
Verantwortlich: Carolin Luh (HE), Annette Wosnik (BW), Katrin Burtscher (BW)
Eigenschaften
Dokumentiert werden sollen nur tumorgenetische Veränderungen im Tumormaterial (somatische Veränderungen). Ergebnisse zu Untersuchungen auf Veränderungen in der Keimbahn dürfen nicht übermittelt werden. Ausschlaggebend ist u.a. die Intention der Bestimmung.
Die Molekulargenetik gewinnt immer mehr Relevanz in der Diagnostik, Prognose und Therapie von Tumorerkrankungen und ist bereits fester Bestandteil in diversen Morphologieschlüsseln und der Berechnung von Qualitätsindikatoren (QI) der S3-Leitlinien.
Ergebnisse aus molekularpathologischen Untersuchungen können, abhängig davon, zu welchem Zeitpunkt sie erhoben wurden, in einer Diagnosemeldung, Operationsmeldung, Verlaufsmeldung und auch Pathologiemeldung übermittelt werden.
Im onkologischen Basisdatensatz stehen zwei Felder für die Dokumentation der Molekularpathologie zur Verfügung. Da neben dem Gen auch die spezifische Veränderung relevant ist, wird empfohlen diese Informationen über das Merkmal „23.1 Genetische Variante Name“ mit einem definierten Trennzeichen zu übermitteln. Weitere Informationen zur Datenübermittelung sind im Umsetzungsleitfaden zu finden.
Eine Empfehlung der Plattform §65c gibt einen ersten Überblick und umfasst am Tumor/an Tumorzellen/an Tumor-DNA bestimmte Gene und deren Veränderungen sowie weitere Biomarker, wenn
eine Relevanz für eine zielgerichtete Therapie mit Zulassung der European Medicines Agency (EMA) und/oder
eine Allgemeine Therapierelevanz (z.B. Empfehlung in Leitlinien) vorliegt und/oder
für die Berechnung eines QI nach Leitlinie erforderlich ist.
Zusätzlich sind einige Biomarker/genetische Veränderungen relevant für die Stadiengruppierung/TNM.
In die Liste sind Genbestimmungen, die für eine rein diagnostische bzw. prognostische Bestimmung empfohlen werden oder aktuell ausschließlich in einem Studienkontext Relevanz finden, zunächst nicht aufgenommen.
Merkmale und Ausprägungen
ID (oBDS) | Merkmal | Ausprägungen | Beschreibung |
|---|---|---|---|
- | Genetische Variante Datum | TT.MM.JJJJ | Es ist das Befunddatum der molekulargenetischen Bestimmung anzugeben. |
23.01 | Genetische Variante Name | Beispiele für Gene nach HGNC mit Variante: | Es wird darauf hingewiesen, dass die im oBDS genannten Beispiele für das Feld 23.01 sich nicht in Gänze in der Liste der Plattform widerspiegeln, da zunächst die Information zum Gen (nach HGNC) und darauffolgend zur Variante benannt werden soll. Einen Überblick der relevanten Gene und Veränderungen gibt eine Referenzliste. Hierbei handelt es sich um eine Empfehlung und darüberhinaus können weitere relevante genetische Veränderungen dokumentiert und gemeldet werden. |
23.02 | Genetische Variante Ausprägung | M = Mutation/mutiert/positiv | Da die Art der Mutation als Variante in Feld 23.01 Genetische Variante Name nach “||” abgebildet wird, ist hier nur noch “mutiert” (M) und “nicht mutiert” (W) anzugeben. Für die Immunhistochemie (IHC) sind die Begriffe “positiv” und “negativ” zu wählen oder bei anderen Begrifflichkeiten das Ergebnis über “Sonstiges” zu dokumentieren. Hinweis: Bei Sonstiges ist die konkrete Ausprägung im Anmerkungsfeld anzugeben. Kann ein Ergebnis z.B. aus Materialmangel oder Probenfehler etc. nicht ausgewertet werden, ist “N = nicht bestimmbar” anzugeben. |
Hilfestellungen für die Dokumentation
Genetische Veränderungen, die bereits eindeutig über den Morphologieschlüssel abgebildet sind, müssen nicht zusätzlich dokumentiert und gemeldet werden.
Beispiele:
9875/3 Chronische myeloische Leukämie, BCR/ABL positiv
9445/3 Glioblastom, IDH-mutiertGegenbeispiel:
9401/3 Anaplastisches Astrozytom, IDH-Mutation (C71.-) / Anaplastisches Astrozytom, IDH-Wildtyp (C71.-): hier ist die Angabe zusätzlich notwendig, da der Schlüssel nicht eindeutig für den IDH-Typ ist.
Die Ergebnisse der molekularpathologischen Untersuchungen, die ausschließlich zur Diagnosestellung durchgeführt werden, sind nicht zu melden.
Aktuell wird zwischen genetischen (Gen XY) und immunhistochemischen Untersuchungen (Gen XY_IHC) unterschieden. Wurde ein Gen mit verschiedenen Methoden untersucht, sind diese getrennt zu melden.
Beispiel: ALK wurde zunächst immunhistochemisch untersucht und das Ergebnis war positiv. Daraufhin erfolgte eine genetische Untersuchung über ein Fusionspanel.
Dokumentation Ergebnis IHC:
Genetische Variante Name: ALK_IHC
Genetische Variante Ausprägung: M (IHC positiv)
Dokumentation genetische Untersuchung:
Genetische Variante Name: ALK||EML4::ALK
Genetische Variante Ausprägung: M (Nachweis einer EML4-ALK-Fusion)
Über die in einer Immunhistochemischen Untersuchung eingesetzten für das jeweilige Protein spezifischen Antikörper können indirekt auch genetische Varianten/Veränderungen, z.B. über eine Proteinüberexpression nachgewiesen werden. Das Ergebnis einer IHC wird häufig mit positiv (ein spezifisches Färbeverhalten kann entsprechend nachgewiesen werden) oder negativ (es kommt zu keinem spezifischen Färbeverhalten) beschrieben. Die Aussage „positiv“ oder „negativ“ ist nicht mit „mutiert“ oder „nicht mutiert“ gleichzusetzen. Eine zugrundeliegende Mutation kann zu einem Ausfall einer Proteinexpression und somit zu einem negativen Färbeergebnis führen. In diesem Beispiel würde “W” für “negativ” dokumentiert werden. Für die Dokumentation ist das Färbergebnis der IHC ausschlaggebend und nicht der Mutationstatus.
Mehrfachdokumentation eines Gens: Ein Gen kann unterschiedliche Mutationen aufweisen. Diese werden über verschiedene Methoden erfasst.
Beispiel: MET-Untersuchung mittels FISH und NGS. Es wurde keine Amplifikation, aber ein MET Exon 14 Skipping nachgewiesen.
Dokumentation:
Genetische Variante Name: MET||Amplifikation
Genetische Variante Ausprägung: W (kein Nachweis einer MET-Amplifikation)
Genetische Variante Name: MET||Exon 14 Skipping
Genetische Variante Ausprägung: M (Nachweis einer MET-Exon 14 Skipping Mutation)
Die Varianten können aktuell noch in unterschiedlicher Form/Nomenklatur in den Pathologiebefund benannt sein, da es hier noch keine durchgängige Standardisierung gibt. Die Dokumentation richtet sich nach in der im Befund verwendeten Schreibweise. Eine „Übersetzung“ in eine andere Nomenklatur soll hier nicht erfolgen.
Dokumentationsbeispiele
Anaplastisches Astrozytom (C71.-)
Die Untersuchung wurde im Rahmen der Diagnose C71.9 mit der Diagnosesicherheit G durchgeführt.
Zur Untersuchung auf einen möglichen Verlust von Heterozygosität (LOH) von 1p/19q wurde eine dual-color Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FISH) angefertigt.
In der FISH-Analyse mit den Sonden 1p36 (orange) und 1q25 (grün) enthalten hierbei die meisten Tumorzellkerne eine gleiche Anzahl von grünen gegenüber orangen Signalen.
In der FISH-Analyse mit den Sonden 19q13 (orange) und 19p13 (grün) enthalten hierbei die meisten Tumorzellkerne eine gleiche Anzahl von grünen gegenüber orangen Signalen.
Kritische Stellungnahme:
Ergebnis der molekularpathologischen Untersuchung des Tumorgewebes mit den Sonden 1p/19q: Kein Nachweis eines Verlustes von Heterozygosität 1p/19q (LOH 1p/19q FISH: negativ).
In der zusammenfassenden abschließenden Beurteilung spricht das immunhistochemische und molekularbiologische Profil für die Manifestation eines offenbar sekundär malignisierten anaplastischen Astrozytoms WHO-Grad III, IDH-mutiert. Es dominiert hierbei eine astrozytär-gemistozytäre Tumorkomponente, jedoch finden sich auch Anteile mit oligoidem Phänotyp sowie vereinzelter kleinherdiger epithelialer Metaplasien. Das Tumorgewebe weist eine IDH1- (R132H) Mutation auf. Zudem lässt sich eine MGMT-Promotersequenz-Methylierung nachweisen.
Kolorektales Adenokarzinom
Beurteilung: Im vorliegenden Tumormaterial eindeutiger Nachweis der aktivierenden BRAF-Mutation p.Val600Glu (MN. Kein Nachweis einer KRAS Mutation. Kein Nachweis einer NRAS Mutation.
Lungenkarzinom
Beurteilung:
Im Tumormaterial Nachweis einer KRAS G12C Mutation. Kein Nachweis einer MET Amplifikation oder eines MET Exon14 Skippings. Es liegen Wildtypsequenzen für folgende Gene vor: BRAF, EGFR. In der Fusionsanalyse konnte keine Fusion nachgewiesen werden (ALK, NTRK1-3, ROS1, RET).